Awal mulanya tempat ini dinamakan Pondok Pengharapan (PONHAR), untuk membuka ruang kepada alumni Panti Asuhan binaan Yayasan Putri Kerahiman Papua usaha mandiri, kegiatan ini cukup berhasil ketika didampingi oleh Bp. Florry Koban (Direktur Eksekutif Yayasan Putri Kerahiman Papua), karena beliau mulai merasaya donatur Yayasan semakin berkurang, jika tidak ada usaha mandiri maka layanan sosial sulit berjalan. Kegiatan usaha mandiri diantaranya kegiatan Perikanan, Kegiatan Pertanian, usaha pembuatan roti, pemeliharaan ternak itik, ayam, babi, kegiatan pertukangan, hasil usaha mandiri bisa mensuport setengah dari uang listrik dan internet bagi kebutuhan Panti-panti asuhan selama beberapa tahun berjalan. Selain itu banyak tenaga terampil terbina, bahkan ada yang sudah pulang ke kampungnya untuk membangun usaha di kampung halaman.
Atas keberhasilan ini, Pendiri Yayasan Putri Kerahiman Papa Pastor Nico Syukur Dister, OFM mengajak Florry Koban, untuk mengembakan misi Pondok Pengharapan kepada banyak anak Papua agar banyak anak bisa tertolong. Maka pada tahun 2019, YaPuKePa melakukan lobby ke Pemerintah Provinsi Papua. Melalui Dinas Pendidikan dibantulah sebuah sekolah SMK, maka Pastor Nico menamakan Sekolah ini SMK Santo Yosef Nazaret yang mulai menerima siswa baru jurusan perikanan dan jurusan pertanian pada tahun 2021.